Все угловые компартименты прозрачны, соединены с рукавами креста широкими арками в двух уровнях. Только придел на хорах в юго-западном углу, вероятно, отделялся от южного рукава креста стеной. Интерьер церкви отличается структурностью и прозрачностью, показательно и единственное для Пскова (среди сохранившихся памятников) употребление крестообразных опор. Ошибки, фиксируемые В. Д. Белецким, совершенно не выходят за рамки допустимых при строительстве; учитывая условия, в которых пришлось существовать памятнику, можно только удивляться запасу его прочности. В заключение обратим внимание на устройство боковых алтарей Покровской церкви, где в широких нишах, перекрытых щипцовыми арками, помещены сужающиеся окна; удивительна смелость и уверенность всех форм.
Присоединение Пскова к Русскому государству было неизбежным, но болезненным процессом. Депортация псковской эдиты на восток страны, злоупотребления московской администрации усугубляли недоверие людей к новой власти. По мере того как Псков окружали новые башни и стены, становилось очевидным единственное в глазах московских властей предназначение города — как ключевого оборонительного пункта на западе страны. В конце XVII века восьмискатные крыши храма были переделаны на четырехскатные, в конце XVIII или начале XIX века изменена глава, к звоннице пристроен (существующий и теперь) контрфорс, затем был перестроен южный придел и сломана глава и барабан северного придела. В начале Великой Отечественной войны пожар уничтожил все деревянные части здания, покрытия его и иконостас, заполненный древними иконами. К 1947—1948 годам из-под отвалившейся поздней штукатурки обнажились следы первоначальных форм здания, позволявшие точнейшим образом восстановить его (за исключением внутреннего убранства и некоторых деталей). Начатая в 1948 году реставрация храма велась крайне небрежно и была оставлена незаконченной.
Первоначальные окна сохранились лишь в барабане, да в боковых частях абсид, в серединах которых пробиты новые большие окна. Глава на храме целиком сделана в XIX веке, а до нее была глава, покрытая поливной чешуйчатой черепицей яркого голубовато-бирюзового цвета. Главка на приделе сохраняла до Великой Отечественной войны старинную форму и была завершена кованым железным крестом конца XVII или первой половины XVIII века. Заслуживает осмотра подцерковье.
Как и в старину, сторона улицы, обращенная к реке, застроена небольшими деревянными домиками, а более крупные строения, среди них и каменные, располагаются на противоположной стороне. Кончанский храм Богоявления с Запсковья был одной из крупнейших церквей древнего Пскова. Время его постройки — 1496 год. Псковские летописи сообщают под 1538 годом о том, что богоявленские соседи «замыслили» «в других приделах новый храм свершити Трех Святитель и освящаша месяца майя в 12 день». Эта запись говорит не о постройке придела (как иногда думают), а об освящении в существовавшем уже приделе нового престола. Сложная композиция этого храма, ставшая характерной для псковской архитектуры XVI века, была задумана и полностью осуществлена в последних годах XV века. Храм с приделами был скомпонован совершенно симметрично, но зодчий сумел так приставить к нему звонницу, что здание совсем не казалось симметричным.
Уровень хор равен 4 м; удвоенный, он определяет пяты сводов рукавов креста. Все угловые компартименты устроены сложно и неодинаково. Лестница на хоры существовала в северо-западном углу, это обычно, однако здесь этот угловой компартимент разделен на части в верхней зоне, западная занята лестницей, а восточная, с более высоким уровнем пола, — небольшой камерой, глухой с восточной стороны и большим прямоугольным проемом, соединяющим ее с пространством западного рукава креста. В юго-западной ячейке был вверху устроен придел с узким окном в западной стене и нишами в восточной и боковых стенах. Как и в XIV в. , своды вверху ориентированы по оси запад—восток, а внизу — по оси север—юг.
Выделение и украшение постамента под главой, ступенчато поднимающиеся своды с этой поры определяют приемы мастеров, противостоящих оригинальностью композиционных форм усиливающемуся давлению Москвы (Успенская церковь в Мелетове). Оставляя в стороне излишнюю политизированность оценок, все же нельзя не отметить подчеркивание автором творческого, интенсивного развития архитектурной мысли — тем более удивительны отмеченные выше снижение уровня оценок, их приниженная прозаизация. Вслед за предшественниками Н. Н. Воронин с удовольствием описывает красоту и особенности псковских звонниц, относя их возникновение к XIV в. , живописность сочетания церквей с приделами, папертями, хозяйственными пристройками. Хотя и очень кратко, но впервые Н. Н. Воронин останавливается на характеристике городского пейзажа средневекового Пскова, с чередованием возвышенных мест и низин, с разбросанными по всей территории города («выявляя его демократическую природу») церквами, стенами, башнями.
Она является одним из главных кончанских храмов, отсюда большой масштаб, импозантность форм, но отсюда же и сложность ее жизни. Вокруг церкви группировалась в XV в. большая часть Запсковья, и козмодсмьянские «соседи» дружно занимались обеспечением защиты района, возводя в 1484 г. свои две трети северной внешне» каменной стены между Псковом и Великой. Ощущая себя в безопасности за каменной стеной, они хранили в приделе церкви Козьмы и Дамиана пороховой запас всего конца. Во время сильного пожара 1507 г. запас взорвался, придел разметало, повреждена была и церковь. Размеры этого повреждения в летописи не указаны и до сих пор точно не определены. Ю. П. Спегалыжий связывает с восстановлением храма его своды с пониженными подпружными арками и восьмискатное покрытие, считая изначально существовавшими ступенчатые своды и покрытие на шестнадцать скатов. В. В. Седов, внимательный исследователь типологии псковских памятников, считает, что здание сохранило систему первоначальных сводов. Натурно памятник плохо изучен- ремонтные работы были проведены без достаточных исследований, проект реконструкции И. А. Абрамова подвергся справедливой критике Ю. П. Спегальского.