После Петрова дня через реку была переброшена деревянная стена, включавшая двое ворот с решетками. В 1540 г. были сооружены сразу три сохранившихся до наших дней каменных церкви в Пскове (Петра и Павла с Буя, Козьмы и Демьяна на Гремячей горе и Алексея-человека Божия в Поле), а в Печерском монастыре построили церковь Благовещения Богородицы. В 1543 г. в Пскове возвели храмы Спаса на площади и Иоанна Златоуста на Сокольей улице. Тогда же была поставлена Никольская церковь в Острове. В 1546 г. появились две новые каменные церкви на Завеличье — Стефановская в Мирожском монастыре и Св.
Среди них было много монастырских и обетных церквей, которые не могли походить на сравнительно богатый и обширный храм Василия на Горке. Скорее они были похожи на его придел. Во второй половине XV века основным типом здания церкви в Пскове стал трехабсидный кубический храм с одной главой, установленной на четырех столпах. В угловых частях западного деления вверху зачастую устраивались небольшие помещения — так называемые палатки, соединявшиеся между собой узкими деревянными хорами с лестницей (по всей вероятности, винтовой). В этих палатках иногда были свои алтари и службы.
Стоит вспомнить, что сама депортация псковской правящей верхушки в 1510 г. была предпринята с целью уничтожить почву для местного сепаратизма и предотвратить переход посадников и бояр к врагу в случае войны. В 1534 г. предателем оказался «большой дьяк» Родион — главная опора Москвы в далеком Пскове. Перебежчики сообщили литовцам ценные сведения о настроениях людей, состоянии оборонительных сооружений и планах военного командования в Псковской земле. Материалы допроса содержат уникальные известия о Пскове, отсутствующие в русских источниках. От Примостья лучше всего направиться к церкви Богоявления по улице Герцена (часть бывшей Большой Запсковской улицы). Эта улица, улица Леона Поземского (в старину — Звапица) да пара небольших переулочков — все, что осталось от старинной планировки Запсковья.
Следующая эпидемия случилась осенью — ранней зимой 1532 г. , и, наконец, последняя эпидемия описанного цикла фиксируется источниками в сентябре – октябре 1551 г. Итак, в течение двухсот лет (1341—1551 гг. ) на Псков и окружающие его земли 15 раз накатывались опустошительные эпидемии. Представительных цифровых данных для суждения о смертности для этого времени в источниках нет. Только сообщение летописи об эпидемии осени 1551 г. дает возможность представить масштабы крупнейших демографических катастроф. По сообщению летописца, в сентябре 1551 г. в Пскове погибло 4800 человек, а в октябре — начале ноября — 2700 человек31. В течение года число жертв эпидемии, по данным летописи, выросло до 15 тыс. человек, но эта цифра выглядит сугубо оценочной, и у нас нет оснований доверять ей безусловно.
Правда, общее единство системы увеличивается сближением масштаба элементов и их согласованием, арочки имеют размер примерно трех шагов поребрика, что станет типовым в псковском зодчестве. В целом формы отличаются значительно большей регулярностью и четкостью. Однако, как ни странно, при этом теряется живой характер употребления этих мотивов в Пскове, отличие можно уподобить сравнению рукодельного кружева с машинной штамповкой. Псковский орнамент имеет горизонтальный, более дробный и более разнообразный ритм, чисто кирпичная техника строительстпа в Москве вносит ощущение стандарта и некоторой монотонности.
В первых же годах XVIII века судьба Пскова резко изменилась. Сперва Северная война и подготовка к ней парализовали его жизнь. Потом расширение границ русского государства, выход России к морю и открытие новых путей торговли с Западной Европой лишили Псков его прежнего значения. Ожившая было в последней четверти XVII века строительная деятельность в Пскове в первой четверти XVIII века почти прекратилась. В 1710 году «моровое поветрие» и «пожарное разорение» опустошили город.
«…Приела князь великий во Псков к своим дьяком, к Четвертки к Терпигореву, да Колтыре Ракову, и к Иваноу Шамскому, и повеле им князь великий из своей казны церковь поставити обыденную, кои храм миру оугож; и паде жребеи на святого Архистратига Гаврила у Михайловских ворот, на Обакумове дворище Можаича сведена, против дьяских дворов, и поставиша и освяща ю в день един, месяца декабря в 14…». Исследование традиции церковного строительства в Пскове XV — начала XVI в. убеждает, что обыденные, или обетные, церкви сооружались во время эпидемий. С 1407 по 1532 г. в городе было построено 9 таких храмов на средства государства. Поначалу строительство финансировал Псков, впоследствии великокняжеская казна.