Существенным усовершенствованием в устройстве палат явилось применение в окнах и дверях закладных деревянных колод, позволившее улучшить утепление и освещение каменных зданий. При палатах стали устраивать не только деревянные гульбища (располагавшиеся над крыльцами), но и каменные открытые галереи. В середине века стали строить палаты с одной только клетью во втором этаже. Место другой клети заняла столовая палата. Палаты для развлечений заняли почти весь третий этаж.
Необычайная массивность палат, их высокие суровые стены, обширные деревянные хоромы с гульбищами, возвышавшиеся в четвертом и пятом этажах, каменные ограды дворов, ворота со створами из «досчатого» железа — все это должно было поражать всякого видевшего их тогда. Два нижних каменных этажа таких палат занимали подклети и клети — помещения для хранения товаров и наиболее ценного имущества. Они перекрывались каменными сводами. Освещавшие их небольшие окошки были снабжены углубленными в специальные впадины железными ставнями, защищавшими внутренность палат от искр и головешек в случае пожара, а также решетками, предохранявшими палаты от воров. Двери закрывались железными запорами.
Поэтому церкви и общественные здания часто были каменными. На посаде, во дворах богачей, из камня также строились иногда погреба и клети. Псковская деревянная архитектура к XV веку впитала в себя многовековый опыт творчества мастеров-плотников и, несомненно, была не менее интересной, чем каменная. Но все деревянные постройки того времени до нас не дошли, а открытые остатки их крайне незначительны и не изучены пока в достаточной степени. В XV веке для городов Руси были обычными деревянные здания в два-три этажа.
В 1510 году великий князь Московский отобрал от псковичей клети на Крому, и с тех пор купцы хранили свои товары и запасы на собственных дворах. Без каменных зданий они уже не могли обойтись. Даже не особенно богатые псковичи в XVI веке строили каменные клети, погреба и подызбицы. Как мы знаем по памятникам первой половины XVII века, псковские купцы, опасаясь не только пожаров, но и краж и грабежей, тогда не решались еще устраивать склады товаров и других ценностей отдельно от своего жилища, даже на другой стороне собственного двора. Они располагали их в нижних этажах жилых палат.
Возобновилось оно в Пскове, видимо, не ранее второго десятилетия XVII века. Купеческими и монастырскими палатами каменное гражданское зодчество в Пскове XVI века не ограничивалось. Зелейная палата (пороховой склад), разрушенная взрывом в 1609 году, была каменной, а постройка ее относилась, несомненно, еще к XVI веку. На Крону были и каменные клети. Были и другие каменные гражданские постройки, о некоторых из них мы узнаём только случайно, как, например, о каменной бане на улице Бармихе, на Завеличье, упоминаемой писцовой книгой конца XVI века.
Это высказывание не канонично, но в нем содержится отголосок того душевного состояния, которое выразило себя в особой вещественности каменной оболочки псковских церквей, в которой холодная стихия застывшего, схваченного раствором камня соединяется с ремесленной рукотворностью, человеческой «обжитостью», теплотой поверхности. Каменная структура не антагонистична здесь живому, а доверительна, хотя оттенок стихийной таинственности при этом сохраняется. Второй момент связан со стремлением к укромности, обособленности позиции молящегося, к интимности переживания: «попом и простьцем держати пости и поклон, и милостини и пенье нелицемерное втайне идеже не видит никтоже, не слышит но токмо един бог; в малей церкви, еже есть келья своя ти ту есть лепо; а в великой церкви пети и кланятися до земы то есть не все за ся, но господня часть за ся, ако все за кристьяны и за князя: вернии бо человецы в своей клети бога моляща кланяються за кристьяны и за князя». Эти слова невольно вспоминаются в угловых помещениях псковских церквей, они же определяют многое в их общей пространственной выразительности.
Жилые помещения поднимались на подклети, переходы между ними были висячими. Для подъема на переходы сооружались особые постройки с лестничными всходами, называвшиеся сенями. Указания летописей говорят, что такие холодные постройки, как сени и терема, поднимались над землей на деревянных столбах. Многие из хозяйственных построек, в их числе конюшни, житницы, кладовые для меда (бретьяницы) и имущества (скотницы, клети), челядни, поварни, тоже соединялись переходами. Бревенчатые стены жилых срубов кое-где прорезались очень маленькими оконцами. Сени же, терема, переходы открывались наружу рядами проемов, украшенных резными обрамлениями.