Внутренняя ширина так называемой церкви Тимофея — 7,4 м (церковь № 4), центральный неф равен 2,4 м (расстояние между западными столбами, восточные несколько сближены). Если, как обычно, приравнять длину наоса ширине, сместить столбы к восточной стене на половину толщины стены, то восточный неф из-за малых размеров здания получит ширину около 0,7 м. Зодчие уширяют восточный неф, делая его равным западному, восточный рукав креста оказывается самым глубоким, наос становится прямоугольным, и столбы расставлены симметрично двум его главным осям.
Малые арки толщиной столбов и их приближенностью к стенам уменьшаются по ширине и соответственно по высоте. Опять появляется ощущение стеновых массивов внутри наоса, хотя, как и в Кобыльем городище, арки сделаны во всю ширину малых нефов выявляют столбы. Массивность ощутима даже в восточной стороне, пространства малых алтарей впервые не имеют двухъярусного деления, открыты на всю высоту. Здесь, казалось бы, уже ничто не должно мешать ощущению вертикальной опоры, однако восточные столбы выглядят скорее как части межалтарных стен, прорезанных арками.
Если разделить эту ширину на три, мы получим 2,87 м, сторона подкупольного квадрата реально равна 3—3,1 м. Столбы как бы отодвинуты от центра на 10 см. Не совсем обычна разбивка восточной части, восточные простенки вимы от межалтарных проходов до заплечиков апсиды увеличены, восточный рукав оказывается на полметра длиннее западного.
Но, во-первых, обратим внимание на столбы псковского памятника — они толще стен. Начиная с XII в. такие столбы как бы включали в себя лопатки, и в новгородских памятниках XIII — первой половины XIV в. эти лопатки вверху всегда выявляются разного рода уступами и дают начало пониженным подпружным аркам. И во-вторых, при ступенчатых сводах церковь Михаила оказалась бы столь полным подобием Богоявленской церкви 1496 г. (их планы просто совпадают), что это сделало бы бессмысленной всю эволюционную линию на протяжении полутора столетий. Подытоживая все сказанное, кажется исторически корректным предположение об обычной системе сводов с пониженными подпружными арками в церкви Михаила Архангела.
Все они, как и южный придел храма, относятся к концу XVII века. Характерны для этого времени столбы с каннелюрами. В воротах еще висят железные решетчатые кованые створы XVII века.