Мы уже видели, что стремление к ее непреложному соблюдению привело к необычному соединению конх боковых апсид и сводов перед ними. Лишь в одном месте согласованный волнистый бег закомар оказывается нарушенным — в западном прясле северного фасада, где закомара несколько повышена (визуально — как в новгородских памятниках). Однако здесь это произошло из-за соображений практических, функциональных, ибо угловой свод здесь ориентирован не по оси запад—восток, как остальные малые своды храма, а поперек, по оси север — юг. Он поставлен на малые арки, а не концентрично им, и в его южном торце сделан арочный проем, выводивший на кровлю. Структура выдерживается значительно нормативнее, нежели в новгородских постройках, где малые закомары всегда поднимаются почти так же высоко, как и центральные. Здесь пяты всех закомар в одном уровне, а их очертания близки полуциркульным. Интересна профилировка закомар.
Подобные, традиционные для новгородской архитектуры приемы, порожденные техническими приемами кладки сводов (когда подпружные арки используются как кружала для досок опалубки), говорят о преобладании ремесла над артистизмом в зрительном построении формы. Тот же оттенок более грубого и примитивного — в неодинаковой глубине предалтарных сводов, неправильности и случайности их очертаний. Есть еще одна необычная композиция в соборе. Коробовый свод над вимой, следует, как обычно, за линиями восточной подпружной арки, но точно такое же соотнесение с малыми арками сводов над вимами жертвенника и диаконника — явление необычное, ибо по канону эти своды должны располагаться значительно выше, над аркой. Боковые апсиды в результате должны были оказаться резко пониженными, что трудно согласовалось бы с принятым в Иоан-новском соборе позакомарным завершением фасадов (в том числе и восточного). Мастера пошли на странное соотношение — если конха центральной апсиды, как обычно, чуть ниже свода вимы, то конхи боковых апсид выше подобных сводов; из-за этого повышения соотношения апсид становятся каноническими.
По-видимому, это был первый каменный храм на псковском посаде. Псковские каменщики к этому времени оставили прежнюю технику каменного строительства, перестали применять кирпич и раствор из извести с измельченным кирпичом, перейдя на кладку только из известняковой плиты на известково-песчаном растворе. Приобретенные к началу XIV века технические навыки и понимание работы сложных каменных конструкций дали псковским мастерам возможность перенять из южных земель Руси прием установки купола на ступенчатые своды. Сущность его заключается в том, что подпружные арки, несущие барабан купола, поднимались выше основных сводов храма и частью опирались на эти своды, передавая им некоторую долю нагрузки от купола. Такие своды XIV века сохранились до нашего времени в храме Михаила архангела в Городце. Здание этой церкви дошло до нас сильно измененным, но сохранило многие первоначальные части.
Подобное соединение круглых и кубических форм, опоры и массы вызвало, как мы уже видели, восхищение И. Э. Грабаря, тонко охарактеризовавшего его выразительность. Сила движения криволинейных поверхностей преодолевает раздельность пространственных зон как по вертикали, так и по горизонтали, все пространство становится объединенным крестообразным сводчатым ступенчатым балдахином. Подчиняясь центризму системы, строго по оси расположены окна в боковых рукавах креста, которые снаружи из-за этого оказываются смещенными с середины прясел. Несколько особо пока еще построена восточная часть, где арки еще недостаточно широки и высоки, чтобы активно «развеществить» массу. Здесь еще сохраняется впечатление застывшей, пассивной стены, прорезанной отдельными проемами, еще не преображенной в столб, не проникнутой движением в вертикальном направлении.
Поэтому приходится делиться с читателем предварительными неполными и еще не проверенными соображениями. Основной объем храма был покрыт позакомарно — по трем полукружиям с каждой стороны. Об этом свидетельствуют сохранившиеся остатки полукружий на фасадах. Вопрос о том, были ли выражены снаружи повышенные подпружные арки этого храма, пока остается нерешенным. Сохранявшаяся до Великой Отечественной войны наружная обработка северного придела говорит о том, что его верх был подобен верху церкви Рождества в Довмонтовом городе. На западной стене северного придела до ремонта, проводившегося в 1948—1950 годах, была видна пята арки, судя по которой можно предполагать, что первоначальная галерея во втором ярусе была открытой, с широкими проемами.