Хоры собора располагались над нартексом, в их боковых частях были устроены приделы с главами над ними. Подобное расположение глав свидетельствует о том, что хоры не имели П-образной формы, не заходили в западные углы наоса, западные столбы оставались открытыми на всю высоту, скорее всего, и восточные углы наоса не имели двухъярусной структуры — подобные композиции совершенно не характерны для XIV и XV столетий и лишь постепенно формируются в первой половине XVI в. А. А. Тиц реконструирует квадратную форму столбов. Можно, однако, думать о том, что они были крестообразными — очертания плана XVII в. дают для этого основания, такими были почти всегда столбы смоленских церквей конца XII в. ,— а ведь в них мы ищем прообраз собора. В Смоленске на рубеже XII—XIII вв. не было трехапсидных церквей. Это заставило Н. Н. Воронина и П. А. Раппопорта задуматься — не было ли строительство собора XII в. начато еще Всеволодом Мстис-лавичем? Подобную точку зрения поддерживает и В. В. Седов.
Он, возможно, определял величину Троицкого собора, ему же будут равны самые крупные кончанские Храмы — Богоявление на Запсковье и Успение с Пароменья, чуть Меньше — Козьма и Дамиан с Примостья. В московской архитектуре это размер домовой церкви великого князя, но дело не только в разном масштабе того или иного искусства, а еще и в том, что ни одно из зданий, сооруженных в Москве псковичами, не вышло за пределы привычного им масштаба, и в этом могли проявиться не только позиции заказчиков, но и выбор мастеров, определяемый их вкусом и привычками. Следующий этап развития псковской архитектуры относится к двум десятилетиям рубежа веков — 1490—1510 гг. Его верхняя граница определяется потерей Псковом самостоятельности, его непосредственным подчинением московскому великому князю. Начало периода хронологически очень близко окончанию последней работы псковских зодчих в Москве — строительству Благовещенского собора, завершенному в 1489 г. Поэтому оно невольно связывается с отъездом псковичей из Москвы и их возвращением в родной город. Исследователями было уделено достаточно внимания работам псковичей в Москве, попыткам обнаружить особенности и формы, внесенные ими в московскую художественную традицию. Но почти не затрагивался вопрос об ответном влиянии практики московского строительства на псковских мастеров, на отражении столичных вкусов и масштабов в их творческих устремлениях.
Вскоре русские мастера-каменщики нашли решение более совершенное и в техническом, и в художественном отношении: своды со ступенчатыми подпружными арками. Такие своды, в частности, были применены на рубеже XII и XIII веков в сохранившемся до наших дней Черниговском храме Пятницы. Компоновка верха этого храма свидетельствует о ясном и глубоком понимании его строителями сложной работы системы каменных конструкций. Ступенчатые своды здесь дополнены в угловых частях сводами в четверть окружности, служившими дополнительным средством передачи нагрузки на наружные стены и придававшими всей системе в целом еще большую связанность и устойчивость.
Как ни малы условные перспективы сужения западного и восточного рукавов, раскрывающиеся к центру, все же зрительный эффект их вполне ощутим. В верхних частях, как всегда, в кладке использованы голосники. Формы отличаются четкостью и уверенностью, свойственными псковскому искусству лишь с 1490-х годов. Арки верхнего яруса, правда, еще не столь широки, чтобы ликвидировать ощущение стен, спокойная пассивность последних может быть свидетельством понимания формы, не выходящего за рубеж столетий. Правда, подобное соотношение — обширный массив стены и робкие прорезанные в нем арки — может быть результатом опять-таки соотношения размеров, очень малых — всей церкви и крупных — столбов. Ведь арки трех углов практически прорезают всю ширину внутренних стен, поэтому поверхности, кажущиеся стеновыми, на самом деле равны толщине столбов, т. е, физически являются столбами.
Весной 1509 г. он участвует в церемонии встречи литовских послов. Во время Псковского похода он с боярами и окольничими (будучи «сыном боярским») в начале 1510 г. принимал с двоюродным братом Петром присягу псковичей («в окольничих места»). Возвышение М. Ю. Захарьина относится к ноябрю 1510 — марту 1511 г. , когда он возглавил посольство в Литву, которое, правда, еще вело переговоры о мелких порубежных спорах. К августу 1510 г. он получил звание тверского дворецкого, остававшееся за ним по крайней мере до 1522 г. После смерти В. А. Челяднина (около 1515 г. ) он, возможно, некоторое время исполнял и обязанности дворецкого Большого дворца. Во всяком случае, в декабре 1519 г. он подписал правую грамоту на суздальские владения.